Skin microbiome atau mikrobioma kulit adalah komunitas mikroorganisme yang hidup di permukaan dan berbagai niche kulit, termasuk bakteri, fungi, virus, dan mikroorganisme lainnya.
Tetapi memahami skin microbiome bukan sekadar mencari tahu bakteri mana yang “baik” dan mana yang “buruk”.
Kulit merupakan sebuah living ecosystem. Microbiome hidup dalam hubungan yang terus berubah dengan skin barrier, pH, sebum, hydration, immune response, host biology, dan lingkungan.
Di BeautéSpot, Cosmobeauté Indonesia 2026, Prof. Dr. apt. Keri Lestari, M.Si. membingkai microbiome sebagai salah satu bagian dari sistem biologis yang lebih besar. Pertanyaannya bukan hanya:
“Mikroorganisme apa yang ada di kulit?”
tetapi juga:
“Bagaimana komunitas tersebut berinteraksi dengan kondisi kulit tempat mereka hidup?”
Diskusi bersama apt. Cahya Khairani Kusumawulan, M.Farm., partner penelitian dan hilirisasi sekaligus pakar kosmetik dan industri, kemudian membawa pertanyaan itu ke product development:
Jika microbiome sangat dinamis dan context-dependent, apa sebenarnya yang boleh disimpulkan ketika skincare diklaim memengaruhi microbiome?
Di sinilah kita perlu memisahkan apa yang sudah cukup diketahui dari apa yang masih belum pasti.
Apa sebenarnya yang dimaksud dengan skin microbiome?
Skin microbiome adalah keseluruhan komunitas mikroorganisme yang hidup pada kulit beserta hubungan mereka dengan lingkungan biologis tempat mereka berada.
Dalam praktiknya, pembahasan paling sering berfokus pada bakteri karena bagian tersebut relatif lebih banyak dipelajari. Namun microbial ecosystem kulit jauh lebih luas daripada bakteri saja.
Kulit juga bukan satu habitat yang seragam.
Dahi tidak identik dengan lengan.
Ketiak tidak identik dengan pipi.
Area berminyak tidak identik dengan area yang lebih kering.
Karena itu istilah “skin microbiome” sebenarnya merangkum banyak ecological niches yang berbeda.
Mengapa microbiome berbeda di setiap bagian kulit?
Salah satu studi landmark, “Topographical and Temporal Diversity of the Human Skin Microbiome” oleh Grice dan kolega di Science pada 2009, menunjukkan bahwa microbial communities pada kulit sangat dipengaruhi oleh karakteristik anatomical site.
Secara sederhana, berbagai area kulit dapat mempunyai kondisi berbeda dalam hal:
- moisture,
- sebum,
- temperature,
- pH,
- exposure terhadap lingkungan,
- serta struktur fisik kulit.
Karena lingkungannya berbeda, microorganisms yang mampu hidup di sana juga berbeda.
Area sebaceous seperti wajah dan punggung cenderung menyediakan kondisi yang berbeda dari area moist seperti lipatan tubuh atau area yang lebih dry seperti lengan.
Ini berarti satu prinsip penting:
Tidak ada satu komposisi microbiome yang dapat dianggap mewakili seluruh kulit seseorang.
Lokasi pengambilan sampel sangat menentukan interpretasi.
Apakah setiap orang mempunyai skin microbiome yang sama?
Tidak.
Studi “Biogeography and Individuality Shape Function in the Human Skin Metagenome” oleh Oh dan kolega di Nature pada 2014 menunjukkan adanya variasi yang substantial antarindividu.
Artinya, dua orang sehat dapat memiliki komposisi microbial community yang berbeda.
Perbedaan tersebut dapat dipengaruhi oleh berbagai faktor seperti:
- body site,
- physiology kulit,
- age,
- environment,
- lifestyle,
- hygiene practices,
- cosmetic use,
- dan host-related factors.
Karena itu, konsep “normal skin microbiome” harus digunakan dengan hati-hati.
Normal tidak selalu berarti satu composition tertentu.
Apakah ada satu “healthy skin microbiome”?
Belum ada satu universal composition yang dapat disebut sebagai microbiome sehat untuk semua orang.
Ini salah satu batas terbesar dalam microbiome science.
Review modern tentang konsep healthy human microbiome menunjukkan bahwa kesehatan tidak mudah direduksi menjadi satu daftar microorganisms atau satu angka diversity tertentu.
Seseorang dapat sehat dengan microbial profile yang berbeda dari orang lain.
Bahkan microbial community yang sama dapat mempunyai arti berbeda tergantung biological context-nya.
Karena itu, pertanyaan:
“Bakteri apa yang harus ada agar kulit sehat?”
sering terlalu sederhana.
Pertanyaan yang lebih berguna adalah:
“Apakah microbial ecosystem tersebut berfungsi secara compatible dengan barrier dan host biology?”
Apakah diversity yang tinggi selalu berarti kulit lebih sehat?
Tidak.
Ini salah satu generalisasi yang sering muncul ketika microbiome dibahas dalam consumer skincare.
Dalam beberapa ecological systems, diversity memang dapat berkaitan dengan resilience.
Tetapi pada kulit, hubungan antara diversity dan health tidak universal.
Beberapa body sites secara alami memiliki diversity lebih rendah dibanding area lain.
Pada kondisi tertentu, perubahan diversity mungkin berhubungan dengan disease state.
Tetapi pada kondisi lain, diversity yang lebih tinggi atau lebih rendah belum tentu memiliki arti yang sama.
Jadi:
Microbial diversity bukan universal “health score” untuk kulit.
Diversity harus selalu dibaca bersama:
- lokasi,
- composition,
- function,
- host condition,
- dan clinical context.
Apakah skin microbiome stabil atau terus berubah?
Keduanya.
Microbiome kulit memiliki unsur stability sekaligus dynamism.
Studi Oh dan kolega, “Temporal Stability of the Human Skin Microbiome” di Cell pada 2016, menunjukkan bahwa banyak individual microbial signatures dapat relatif stabil sepanjang waktu.
Namun stabil bukan berarti tidak berubah.
Microbiome tetap dapat dipengaruhi oleh:
- environmental exposure,
- cleansing,
- cosmetics,
- antibiotics,
- climate,
- humidity,
- skin condition,
- lifestyle,
- dan perubahan fisiologis.
Ini penting karena perubahan microbiome setelah penggunaan produk belum tentu otomatis berarti gangguan.
Perubahan dapat bersifat sementara.
Dan microbial community dapat kembali menuju baseline-nya.
Apa hubungan skin barrier dan microbiome?
Skin barrier dan microbiome mempunyai hubungan dua arah.
Barrier menentukan banyak karakteristik habitat microorganisms, termasuk:
- moisture,
- lipid availability,
- pH,
- nutrients,
- dan exposure terhadap lingkungan.
Sebaliknya, microorganisms dan produk metabolismenya dapat berinteraksi dengan:
- keratinocytes,
- immune signaling,
- barrier differentiation,
- dan skin homeostasis.
Dalam kerangka yang dibawa Prof. Keri di BeautéSpot, hubungan tersebut lebih tepat dilihat sebagai:
Microbiome × Barrier × Host Biology × Environment
bukan sebagai empat sistem yang berdiri sendiri.
Salah satu penelitian mechanistic yang menarik adalah studi Uberoi dan kolega di Cell Host & Microbe pada 2021, yang menunjukkan bahwa commensal microbiota dapat berkontribusi terhadap barrier function dan repair melalui signaling aryl hydrocarbon receptor.
Tetapi penting menjaga batas interpretasinya:
mechanistic evidence tersebut tidak berarti bahwa setiap cosmetic product yang mengubah microbiome otomatis memperbaiki barrier.
Apakah satu microorganism dapat disebut “baik” atau “buruk”?
Tidak sesederhana itu.
Contoh yang sering dibahas adalah Cutibacterium acnes.
Karena namanya sangat dekat dengan acne, organisme ini sering dipersepsikan sebagai “bakteri penyebab jerawat”.
Padahal C. acnes juga merupakan bagian umum dari healthy skin microbiome.
Penelitian Fitz-Gibbon dan kolega dalam Journal of Investigative Dermatology pada 2013 menunjukkan bahwa acne tidak sekadar berhubungan dengan keberadaan C. acnes, tetapi terdapat perbedaan pada strain populations yang ditemukan pada individu dengan acne dan tanpa acne.
Ini mengubah pertanyaan dari:
“Apakah C. acnes ada?”
menjadi:
“Strain apa, dalam ecological context seperti apa, dan bagaimana interaksinya dengan host?”
Strain association juga tidak otomatis membuktikan causation.
Karena itu membagi microbiome menjadi good bacteria versus bad bacteria terlalu menyederhanakan biology.
Lalu apa arti dysbiosis?
Dysbiosis biasanya digunakan untuk menggambarkan microbial ecosystem yang berubah dan berasosiasi dengan gangguan fungsi atau kondisi tertentu.
Namun istilah ini sering digunakan terlalu longgar.
Tidak setiap perubahan microbial composition berarti dysbiosis.
Misalnya setelah:
- mencuci wajah,
- menggunakan skincare,
- berpindah lingkungan,
- perubahan humidity,
- atau perubahan fisiologis,
microbial composition dapat berubah tanpa otomatis berarti kulit menjadi tidak sehat.
Selain itu, ketika suatu kondisi kulit disertai perubahan microbiome, masih harus ditanyakan:
Apakah perubahan microbiome menjadi penyebab?
Apakah ia merupakan konsekuensi perubahan barrier?
Apakah ia memperburuk kondisi yang sudah terjadi?
Atau hanya marker yang ikut berubah?
Association saja belum menjawab pertanyaan tersebut.
Apa yang diketahui dari kondisi seperti atopic dermatitis?
Atopic dermatitis adalah salah satu contoh paling banyak dipelajari dalam hubungan microbiome dan skin disease.
Sejumlah penelitian menunjukkan bahwa flare atopic dermatitis sering berkaitan dengan perubahan microbial community dan peningkatan dominasi Staphylococcus aureus.
Namun hubungan tersebut terjadi dalam sistem yang jauh lebih kompleks.
Atopic dermatitis juga melibatkan:
- barrier dysfunction,
- immune dysregulation,
- genetic susceptibility,
- inflammation,
- dan environmental factors.
Jadi bahkan pada kondisi dengan association microbiome yang relatif kuat, microbial change tetap tidak boleh diperlakukan sebagai satu-satunya penyebab.
Ini memperlihatkan mengapa ecosystem perspective lebih berguna daripada microbial reductionism.
Bagaimana skincare dapat memengaruhi microbiome?
Hampir semua produk yang diaplikasikan ke kulit mempunyai potensi berinteraksi dengan lingkungan tempat microbiome hidup.
Misalnya melalui:
- cleansing,
- perubahan pH,
- hydration,
- lipid environment,
- surfactants,
- preservatives,
- active ingredients,
- atau occlusion.
Tetapi interaction tidak otomatis berarti disruption.
Dan perubahan microbiome tidak otomatis berarti harm.
Produk pembersih, misalnya, memang dapat mengurangi microorganisms secara sementara. Pertanyaannya bukan apakah ada perubahan sama sekali, melainkan:
- seberapa besar perubahan;
- berapa lama berlangsung;
- apakah ecosystem pulih;
- apakah barrier berubah;
- dan apakah ada biological consequence yang relevan.
Apakah preservative buruk untuk microbiome?
Tidak dapat digeneralisasi.
Preservatives mempunyai fungsi penting untuk menjaga keamanan microbiological sebuah cosmetic product.
Tanpa preservation yang memadai, formula yang mengandung air dapat menjadi lingkungan pertumbuhan microorganisms yang justru membahayakan konsumen.
Di sisi lain, karena preservatives memiliki antimicrobial activity, memang masuk akal untuk meneliti bagaimana sistem tertentu berinteraksi dengan skin microbiome.
Tetapi kesimpulan seperti:
“Preservative merusak microbiome”
atau
“Preservative tidak memengaruhi microbiome”
sama-sama terlalu absolut tanpa melihat:
- jenis preservative,
- concentration,
- formulation,
- exposure,
- dan finished-product data.
Dari perspektif formulation yang dibawa Bu Cahya, persoalannya bukan memilih antara product safety atau microbiome.
Tantangannya adalah merancang formula yang:
aman secara microbiological
stabil
sesuai tujuan produk
dan memiliki evidence yang relevan jika mengajukan microbiome-related claim.
Apakah ingredient yang “baik untuk microbiome” otomatis menghasilkan microbiome-friendly product?
Tidak.
Ingredient evidence dan finished-product evidence adalah dua level yang berbeda.
Misalnya sebuah ingredient menunjukkan:
- growth support terhadap microorganism tertentu,
- antimicrobial activity,
- perubahan metabolite,
- atau effect pada cell model.
Setelah ingredient tersebut masuk formula, performance-nya dapat berubah karena:
- concentration,
- pH,
- other ingredients,
- preservation,
- processing,
- stability,
- packaging,
- dan cara penggunaan.
Karena itu:
Ingredient evidence tidak otomatis menjadi finished-product evidence.
Jika claim dibuat pada finished product, evidence idealnya juga relevan terhadap finished product tersebut.
Apakah perubahan microbiome berarti produk bekerja?
Belum tentu.
Bayangkan sebuah study menunjukkan bahwa setelah penggunaan produk tertentu, relative abundance microorganism A meningkat 15%.
Informasi itu sendiri belum cukup untuk mengatakan produk bermanfaat.
Masih harus ditanyakan:
- Apakah perubahan tersebut statistically significant?
- Apakah perubahan bertahan?
- Apakah ada functional consequence?
- Apakah barrier membaik?
- Apakah ada measurable skin outcome?
- Apakah perubahan itu desirable?
- Dibandingkan dengan apa?
Microbiome endpoint dan skin-benefit endpoint adalah dua hal berbeda.
Change ≠ benefit.
Lalu evidence seperti apa yang lebih bermakna?
Microbiome research dapat menggunakan berbagai jenis measurement, antara lain:
- taxonomic composition,
- relative abundance,
- diversity metrics,
- microbial metabolites,
- functional pathways,
- dan microbial gene profiles.
Sementara skin outcome dapat mencakup:
- TEWL,
- hydration,
- barrier markers,
- erythema,
- sebum,
- atau clinically relevant endpoints lainnya.
Semakin besar claim yang dibuat, semakin penting hubungan antara microbiome measurement dan meaningful skin outcome.
Inilah sebabnya microbiome claim seharusnya tidak dibangun hanya dari perubahan satu biomarker.
Apa yang sudah cukup kita ketahui tentang skin microbiome?
Ada beberapa hal yang relatif kuat didukung evidence.
Kulit memiliki microbial ecosystem yang kompleks
Evidence: established
Bacteria, fungi, viruses, dan microorganisms lain hidup pada berbagai ecological niches kulit.
Body site sangat memengaruhi microbial composition
Evidence: established
Sebaceous, moist, dan dry sites mempunyai ecological characteristics berbeda.
Individual variation cukup besar
Evidence: established
Tidak ada satu microbial profile yang identik pada semua healthy individuals.
Microbiome berinteraksi dengan barrier dan immune system
Evidence: established + mechanistic
Hubungan tersebut bersifat dua arah dan context-dependent.
Microbiome dapat relatif stabil tetapi tetap dinamis
Evidence: established
Individual signatures dapat bertahan, tetapi environment dan physiology tetap dapat mengubah community.
Apa yang masih belum kita ketahui?
Masih ada pertanyaan besar yang belum mempunyai jawaban sederhana.
Belum ada satu universal healthy skin microbiome
Kita belum mempunyai satu composition atau diversity score yang dapat dipakai sebagai standar kesehatan kulit untuk seluruh manusia.
Tidak selalu jelas apakah microbial change adalah cause atau consequence
Association tidak otomatis berarti causation.
Belum semua perubahan microbiome mempunyai clinical meaning
Microbial shift dapat terjadi tanpa measurable benefit maupun harm.
Belum ada satu standardized definition universal untuk “microbiome-friendly” skincare
Metode testing dan interpretasinya masih berkembang.
Long-term impact cosmetic intervention masih perlu lebih banyak data
Banyak penelitian masih menggunakan sample relatif kecil, timeframe pendek, atau methodology yang heterogeneous.
Apa artinya bagi formulasi skincare?
Memahami microbiome seharusnya tidak menghasilkan formula yang sekadar menambahkan ingredient bertema microbiome.
Ia justru mengubah cara product development bertanya.
Bukan:
“Ingredient microbiome apa yang sedang tren?”
Tetapi:
“Apa biological problem-nya, bagaimana formula berinteraksi dengan ecosystem kulit, dan evidence apa yang kita perlukan?”
Dalam formulation reality, ini berarti mempertimbangkan:
- cleansing strength,
- skin compatibility,
- pH,
- barrier support,
- preservation,
- hydration,
- stability,
- delivery,
- dan penggunaan produk secara keseluruhan.
Microbiome menjadi satu layer dari product system, bukan satu jargon yang berdiri sendiri.
Jadi, apakah kita sudah benar-benar memahami skin microbiome?
Kita sudah mengetahui cukup banyak untuk mengatakan bahwa microbiome merupakan bagian penting dari skin biology. Tetapi kita belum memiliki peta universal yang memungkinkan kita menentukan satu microbiome ideal, satu diversity score ideal, atau satu formula microbiome yang cocok untuk semua orang.
Scientific progress justru membuat gambarnya semakin nuanced.
Skin microbiome bukan:
good bacteria versus bad bacteria.
Ia lebih tepat dipahami sebagai:
microbial community
×
skin barrier
×
host biology
×
environment
Karena itu, ketika sebuah penelitian atau produk menyebut microbiome, pertanyaan yang paling berguna bukan hanya:
“Apakah microbiome berubah?”
tetapi:
“Apa yang berubah? Bagaimana kita mengetahuinya? Dan apa artinya bagi kulit?”
Itulah batas antara sekadar mengikuti microbiome trend dan benar-benar menggunakan microbiome science.
References
Grice EA, Kong HH, Conlan S, et al. Topographical and Temporal Diversity of the Human Skin Microbiome. Science. 2009;324(5931):1190-1192. DOI: 10.1126/science.1171700.
Oh J, Byrd AL, Deming C, et al. Biogeography and Individuality Shape Function in the Human Skin Metagenome. Nature. 2014;514:59-64. DOI: 10.1038/nature13786.
Oh J, Byrd AL, Park M, Kong HH, Segre JA. Temporal Stability of the Human Skin Microbiome. Cell. 2016;165(4):854-866. DOI: 10.1016/j.cell.2016.04.008.
Byrd AL, Belkaid Y, Segre JA. The Human Skin Microbiome. Nature Reviews Microbiology. 2018;16:143-155. DOI: 10.1038/nrmicro.2017.157.
Chen YE, Fischbach MA, Belkaid Y. Skin Microbiota-Host Interactions. Nature. 2018;553:427-436. DOI: 10.1038/nature25177.
Fitz-Gibbon S, Tomida S, Chiu BH, et al. Propionibacterium acnes Strain Populations in the Human Skin Microbiome Associated with Acne. Journal of Investigative Dermatology. 2013;133(9):2152-2160. DOI: 10.1038/jid.2013.21.
Uberoi A, Bartow-McKenney C, Zheng Q, et al. Commensal Microbiota Regulates Skin Barrier Function and Repair via Signaling Through the Aryl Hydrocarbon Receptor. Cell Host & Microbe. 2021;29(8):1235-1248.e8. DOI: 10.1016/j.chom.2021.05.011.
Joos R, et al. Examining the Healthy Human Microbiome Concept. Nature Reviews Microbiology. 2025;23:192-205. DOI: 10.1038/s41579-024-01107-0.
Santos YR, et al. Review mengenai skin microbiome dan microbiome-friendly cosmetic formulation. International Journal of Cosmetic Science. 2026. DOI: 10.1111/ics.70073.
Taléns-Visconti R, et al. Review mengenai cosmetics dan skin microbiome, termasuk keterbatasan standardisasi microbiome-friendly claims. Skin Research and Technology. 2026. DOI: 10.1111/srt.70352.
